蜈蚣的消化道为一直管，分前肠、中肠、后肠。前后肠很短，中肠的长度几乎与身体等长。前肠有二三对唾液腺通人，具有消化作用。在中后肠交界处有1对马氏管，起排泄作用。循环系统为开放式，但较昆虫发达得多，心脏呈管状，很长，位于身体背面，除每节具有1对心孔外，尚有侧血管:自心脏前方分出1支头动脉，通向头部的器官，向两侧也有1对血管沿着消化道至腹面合并为神经上血管，这些血管分支而人血腔。呼吸系统为具有几丁质内壁的气管分布至全身并交织成网状。神经系统包括1个脑神经节，有神经分支至触角及眼汪个咽下神经节分支至头部的其他附肢及额足;以及1个腹神经链，每节都有1对神经节。

雌雄异体，生殖腺通常不成对，位于消化道的背面，通出1条生殖导管以后，又分成2条围绕着后肠并开口于肛门下方的生殖孔。另外，还有2对附属腺通人生殖管的后端，在雄性体内还有2个贮精囊，雌性体内有2个受精囊都通人生殖导管的后方。